In diesem monstermäßigen Flipper-Abenteuer werden die Spieler zu Godzilla! Die bösen Außerirdischen, die Xiliens, nutzen Strahlen zur Gedankenkontrolle, um die Kontrolle über die Monster King Ghidorah, Gigan, Megalon, Ebirah und Titanosaurus zu übernehmen. Die Xiliens fordern alle Ressourcen der Erde. Godzilla und seine Verbündeten Mothra, Rodan und Anguirus kämpfen gegen die Invasion der Xilien mit dem Ziel, Mechagodzilla zu besiegen und König der Monster zu werden!

Chaos und Zerstörung herrschen auf dem Spielfeld mit dem Godzilla-Multiball, der durch das Abschießen eines der verschiedenen Schüsse in und durch den zentral gelegenen Wolkenkratzer gestartet wird. Bei den Premium- und LE-Modellen treibt ein Motor den Wolkenkratzer an und lenkt die Kugeln durch jedes seiner fünf Stockwerke, während er zusammenbricht und schließlich drei Kugeln auf seinem Dach einschließt. Das Premium/LE-Spielfeld verfügt außerdem über eine einstürzende Brückenrampe. Diese animierte, abbrechbare Rampe wird von einem speziell geformten Godzilla bewacht und kann beim Bridge Attack Multiball die Flipperkugeln zurück zum Flipper oder direkt auf das Spielfeld lenken.

Bei den Premium- und LE-Modellen verfügt Mechagodzilla über ein motorisiertes Drei-Bank-Ziel-Set, das sich dreht, um einen Spinner und eine Sprungrampe zu enthüllen. Die Spieler nehmen den Kaiju in den Kampf auf, indem sie mit der Sprungrampe Flipperkugeln abschießen und den magnetischen Kugelfang auf seiner Brust einschlagen, um Mechagodzilla Multiball zu starten.